Audit dilakukan untuk memastikan bahwa pemberitahuan pabean yang disampaikan, pembayaran bea masuk, bea keluar, cukai, serta pajak dalam rangka impor telah sesuai dengan ketentuan. Selain itu, audit juga menilai penggunaan fasilitas kepabeanan dan cukai, seperti pembebasan, penangguhan, atau pengembalian pungutan.
Secara umum, audit kepabeanan dan cukai meliputi pemeriksaan dokumen, pembukuan, catatan, sistem informasi, serta kegiatan usaha pelaku usaha dalam periode tertentu. Audit dapat mencakup aspek klasifikasi barang, nilai pabean, asal barang, tarif, hingga pemenuhan ketentuan larangan dan pembatasan.
Audit kepabeanan dan cukai biasanya dilakukan berbasis manajemen risiko. Pelaku usaha dengan tingkat risiko tertentu, penggunaan fasilitas, atau temuan hasil pengawasan sebelumnya berpotensi menjadi objek audit. Dalam pelaksanaannya, pelaku usaha memiliki kewajiban memberikan akses data dan dokumen yang diperlukan serta hak untuk memperoleh penjelasan dan hasil audit.
Hasil audit dapat berupa tidak ditemukannya pelanggaran, rekomendasi perbaikan administrasi, atau penetapan tambahan kewajiban berupa kekurangan pembayaran beserta sanksi administrasi. Apabila pelanggaran mengandung unsur pidana, hasil audit dapat ditindaklanjuti melalui proses penegakan hukum.
Dengan demikian, audit kepabeanan dan cukai berfungsi sebagai instrumen pengawasan pasca-clearance yang penting untuk meningkatkan kepatuhan, melindungi penerimaan negara, serta menciptakan kepastian dan keadilan hukum bagi pelaku usaha.