Pengawasan kepabeanan dilakukan sejak sebelum barang masuk atau keluar daerah pabean, pada saat proses impor atau ekspor, hingga setelah barang dikeluarkan. Pengawasan ini mencakup penelitian dokumen, pemeriksaan fisik barang, pengawasan sarana pengangkut, serta pengendalian terhadap pemenuhan ketentuan larangan dan pembatasan. Pendekatan pengawasan umumnya berbasis manajemen risiko untuk menjaga keseimbangan antara kelancaran arus barang dan pengamanan negara.
Audit kepabeanan berada dalam konteks pengawasan setelah proses kepabeanan selesai. Audit dilakukan untuk menilai kepatuhan pelaku usaha secara menyeluruh terhadap kewajiban kepabeanan dalam suatu periode tertentu. Melalui audit, Bea dan Cukai dapat menelusuri kembali kebenaran data pemberitahuan pabean, penggunaan fasilitas kepabeanan, serta pemenuhan kewajiban pembayaran bea masuk dan pajak dalam rangka impor.
Dalam konteks ini, pengawasan bersifat preventif dan represif secara langsung, sedangkan audit bersifat evaluatif dan korektif. Pengawasan bertujuan mencegah dan mendeteksi pelanggaran sejak awal, sementara audit bertujuan menemukan ketidaksesuaian yang baru diketahui setelah kegiatan impor atau ekspor berlangsung.
Pengawasan dan audit kepabeanan juga berfungsi sebagai sarana pembinaan kepatuhan. Hasil pengawasan dan audit tidak selalu berujung pada sanksi, tetapi dapat berupa rekomendasi perbaikan, penyesuaian administrasi, atau penetapan tambahan kewajiban apabila ditemukan kekurangan.
Secara keseluruhan, konteks pengawasan dan audit kepabeanan mencerminkan peran Bea dan Cukai sebagai fasilitator perdagangan sekaligus penjaga kedaulatan fiskal negara, dengan menekankan kepatuhan hukum, transparansi, dan akuntabilitas dalam setiap kegiatan ekspor dan impor.