Bea masuk adalah pungutan negara yang dikenakan terhadap barang impor yang dimasukkan ke dalam daerah pabean. Tujuan utama bea masuk adalah melindungi industri dalam negeri, mengendalikan arus barang impor, serta meningkatkan penerimaan negara. Besarnya bea masuk ditentukan berdasarkan klasifikasi barang (HS Code), nilai pabean, dan tarif yang tercantum dalam Buku Tarif Kepabeanan Indonesia (BTKI).
Sementara itu, bea cukai (cukai) adalah pungutan negara yang dikenakan terhadap barang tertentu yang memiliki karakteristik khusus, seperti konsumsinya perlu dikendalikan, peredarannya perlu diawasi, atau penggunaannya dapat menimbulkan dampak negatif bagi masyarakat dan lingkungan. Contoh barang kena cukai antara lain hasil tembakau, minuman mengandung etil alkohol, dan etil alkohol. Cukai dapat dikenakan atas barang produksi dalam negeri maupun barang impor.
Perbedaan mendasar lainnya terletak pada cakupan barang. Bea masuk hanya dikenakan pada barang impor, sedangkan cukai hanya dikenakan pada jenis barang tertentu yang secara limitatif ditetapkan dalam undang-undang, baik impor maupun hasil produksi dalam negeri.
Dari sisi tujuan kebijakan, bea masuk lebih berorientasi pada fungsi fiskal dan proteksi perdagangan, sedangkan cukai memiliki fungsi pengendalian sosial dan kesehatan masyarakat, di samping fungsi penerimaan negara.
Dengan demikian, meskipun sama-sama dikelola oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai, bea masuk dan bea cukai memiliki perbedaan prinsipil baik dari sisi objek, tujuan, maupun dasar pengenaannya.