Salah satu penyebab utama timbulnya sengketa adalah perbedaan penafsiran terhadap peraturan perundang undangan. Ketentuan pajak dan kepabeanan sering kali bersifat teknis dan kompleks, sehingga dapat ditafsirkan berbeda antara fiskus dan Wajib Pajak, misalnya dalam menentukan klasifikasi barang, nilai pabean, tarif pajak, atau dasar pengenaan pajak.
Sengketa juga dapat timbul akibat adanya perbedaan data dan fakta. Ketidaksesuaian antara dokumen yang disampaikan oleh Wajib Pajak dengan hasil pemeriksaan atau temuan otoritas dapat menimbulkan penetapan yang tidak disetujui oleh Wajib Pajak. Hal ini sering terjadi dalam pemeriksaan pajak maupun pemeriksaan kepabeanan.
Selain itu, sengketa muncul karena perbedaan kepentingan. Negara berkepentingan untuk mengamankan penerimaan dan menegakkan kepatuhan hukum, sementara Wajib Pajak berkepentingan untuk meminimalkan beban fiskal dan mempertahankan haknya. Perbedaan kepentingan ini dapat memicu konflik hukum ketika tidak ditemukan titik temu.
Faktor administratif dan prosedural juga berperan dalam timbulnya sengketa. Kesalahan dalam tata cara pemeriksaan, penerbitan keputusan, atau penagihan dapat dianggap merugikan Wajib Pajak dan memicu upaya hukum berupa keberatan atau gugatan.
Di samping itu, kurangnya pemahaman dan literasi hukum pajak dan kepabeanan dari pihak Wajib Pajak dapat memperbesar potensi sengketa. Ketidaktahuan terhadap kewajiban, hak, dan prosedur hukum sering berujung pada kesalahan yang kemudian berimplikasi pada penetapan dan perselisihan.
Secara keseluruhan, sengketa timbul sebagai konsekuensi dari hubungan hukum yang dinamis antara negara dan warga atau pelaku usaha, terutama ketika aturan yang diterapkan bersifat kompleks, bernilai ekonomi tinggi, dan berdampak langsung pada hak serta kewajiban para pihak.